この話は魔法少女まどか☆マギカのテレビ版本放送最終回にあった刷新された世界から着想したいわゆる二次オリであり、劇場版その他の世界観とは関係がありません。アルティメットまどかによって宇宙が書き換えられた時、幾つかの並行宇宙が発生し、その内の一つがこの話であるという物です。この話の世界では魔法少女達の戦う相手は魔獣という巨人であり、彼女達は魔獣を倒す事によって得られるカオスキューブという物をキュゥべえに提出する義務を負っています。魔法少女達は基本的に魔法を使う事にペナルティはありませんが、その個人の持つ魔力キャパシティーを一度に使い果たすと、円環の理に従って消えてしまいます。またその時、この世界の魔法少女達は身に付けた物(主に髪飾り)を一つ残して逝きます。この物語では見滝原市を中心に、様々な少女達がその願望や打算、あるいは回避欲求から魔法少女になっては消えて逝きます。原作の少女達も原作に沿った形ながら新たな設定で登場します。またこの話の世界観としては、宇宙自身が熱的死を回避する為にインキュベーターを使って魔法を使う者を生み出し、その魔法を使う者にとんでもない奇跡を起こさせて宇宙を創り替えさせる事により輪廻を得て、宇宙がその死を免れているという背景になっていてます。
　物語は見滝原に響亮(ひびき　あきら)と言う謎の少年が現れる所から始まります。亮の侵入に気付いたキュゥべえは見滝原の戦力を増強すべく、他の地域にいる魔法少女の召喚や新たなる魔法少女の発掘に勤しみます。キュゥべえはその中で葉恒翠(はつね　みどり)という、とんでもない可能性を秘めた少女を見付け、その子を魔法少女にすべく画策をします。またそれとは別に、長年の懸案事項だった廃工場の魔獣を処理しようともします。廃工場の魔獣を倒した後、空納陽子(あきな　ようこ)という子の魔法少女になる時の願いで、鹿目まどかがこの世界に召喚され暁美ほむらと暮らし始めます。そんな中、亮の仕業なのか魔獣達に変化が訪れるようになり見滝原での魔法少女達の戦いが激化していきます。やがて翠は亮に遭遇し、その時前の世界での話を聞かされ動揺します。そして最後に亮がほむらの前に現れ、様々な真実をほむらに突き付けるのです。