ある事件のせいで心を閉ざし、感情をあまり顔に出さず、狂気の世界に入ってしまった少年・・・
その少年は学校で男が弱いという差別を受けた。
ＩＳという女性しか乗れない最強の兵器が誕生したからである。
その少年は、前から男女差別が嫌であったために、優位な場所に立ったとたんに差別をしてきた女性を心の底から拒絶するようになった。
少年は他の男子をオーバースペックな自分の力で助け、守り、男子の中では、その少年を筆頭にレジスタンスが作られた。
そして、いつしか自分が男性なのに、ＩＳを操縦出来る事を知り、レジスタンスの仲間から助けをもらい、元からの莫大な富と、豊富すぎるような知識でＩＳを完成させた。
そのことが知られ、政府は少年をすぐにＩＳ学園に入れる事を決定した・・・勿論、レジスタンスの皆は反対したが、少年は復讐をするために入ると言って、ＩＳ学園に入学した。
そこから、少年の運命は変化していく・・・

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