主人公は明治で生まれて、主人公は冷酷で残酷な闇の人斬り、霧谷抜刀斎と呼ばれ、刀殺隊のリーダーと刀殺隊の四天王として世間は主人公を恐れられていた。
そして主人公は緋村剣心と刀殺隊の仲間達と共に志々雄真実と雪代縁を倒した後に主人公は旅に出た。
そして主人公は江戸の街に着いて新たな出会いがあった。
それは攘夷戦争に参加した銀時、桂、高杉、辰馬の攘夷四天王との出会いだった。
そして主人公は攘夷戦争に参加し、攘夷四天王を影で支え、共に戦った。
だが攘夷戦争は敗れ、主人公を含めた5人は別々の道を進むが、主人公は銀時と共に万事屋銀ちゃんに営む事を決意した。
主人公は銀時、かぶき町の住人達と楽しく過ごしながら銀時の敵や天人達を斬り続け、やがて主人公はかぶき町の英雄となった。
そして主人公は再び旅に出る決意し、銀時達と鬼殺隊の河上万斉と連絡交換し、お前に何かあったら駆けつけてやると言い残し、主人公はお前もなと言って旅立った。
主人公はかぶき町を去ろうとするとき突然主人公の目の前に光が現れ、主人公が目を覚ますとそこは今までと違う世界だった。
ここから刀殺隊のリーダー兼四天王で冷酷で残酷な闇の人斬り霧谷抜刀斎と呼ばれた主人公と新たなる世界の旅が始まろうとしていた。